脂肪酸（FAs）是脂质的主要成分，脂质类的物理、化学和生理特性主要取决于其脂肪酸组成。脂肪酸的组成通过气相色谱法对甲酯化脂肪酸进行测定得到。反式脂肪酸是一种不饱和脂肪，在自然界中少量存在，但从1950年代开始从植物脂肪广泛工业生产，用于人造黄油、包装的焙烤食品、休闲食品和油炸快餐中。事实证明，反式脂肪一直与冠心病（西方国家的主要死亡原因）的风险增加相关。

GC–MS提供了大量手段用于FA的定性表征。例如，通过70 eV EI电离法，可实现FA的吡咯化物、二甲基恶唑啉，吡啶啉基、五氟二甲基甲硅烷基和三甲基甲硅烷基衍生物分析，可用于结构确定。这些不太常见的FA衍生物的EI电离可在定位FA的支链位置和不饱和位置方面产生不同的碎裂片段。通过EI-MS对甲酯化的脂肪酸定量分析的最简单的方法可以通过监测一系列涵盖分析物预期碎片的质荷比（m/z）值来进行，然后根据总离子计数（TIC）色谱图中色谱峰的积分来确定含量。

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