由于同源重组修复与非同源末端连接相比发生频率较低，所以科学家开发了用于单碱基编辑的系统。该单碱基编辑系统不需要诱导DNA双链断裂，也不需要加入DNA修复模板即可实现位点单碱基的改变。该技术已成功地应用于多种单子叶植物和双子叶植物，如小麦、水稻、玉米、拟南芥和番茄等。

CRISPR单碱基编辑系统包含一个失活的Cas9（dead Cas9，dCas9）或仅可造成缺口的Cas9（Cas9 nickase，nCas9）和胞苷脱氨酶或腺嘌呤脱氨酶。胞嘧啶碱基编辑系统（cytidine base editors，CBEs）可将胞嘧啶（C）转变为尿嘧啶（U），尿嘧啶随后通过DNA复制或修复的方式转变为胸腺嘧啶（T）。类似地，腺嘌呤碱基编辑系统（adenine base editors，ABEs）可将腺嘌呤（A）转变为肌苷（I），然后转变为鸟嘌呤（G），从而实现A到G的转换。

https://www.abace-biology.com/CRISPR-base-editor.htm